تعنى الادارة الفرعية للتعاون الدولي بمؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي بالاشراف على برامج التعاون العلمي الثنائي والمتعدد الأطراف للمؤسسة والمعاهد الراجعة لها بالنظر وكذلك التنسيق بين هذه البرامج يعتبر التعاون الدولي عنصر أساسي لدعم المنظومة الوطنية للبحث العلمي والتكنولوجيا وفي هذا الصدد تقوم مؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي من خلال المؤسسات الراجعة لها بالنظر بإنجاز عدة مشاريع بحث والمشاركة في انجاز برامج بحث تنموي في إطار التعاون الثنائي والمتعدد الأطراف بالنسبة للتعاون الثنائي للمؤسسة علاقات تعاون متينة مع بلدان المغرب العربي (المغرب، ليبيا، الجزائر وموريتانيا) ومع مصر والأردن وسوريا والمملكة العربية السعودية وسلطنة عمان وفرنسا وإيطاليا وبلجيكيا وإسبانيا والبرتغال وتركيا واليونان وهولندا والسويد وسويسرا والولايات المتحدة الامريكية وكندا واليابان والصين وكوريا
أما في إطار التعاون المتعدد الأطراف تشارك مؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي من خلال المؤسسات الراجعة لها بالنظر في طلبات العروض الخاصة بالبرنامج الاطاري للبحث والتنمية الممول من طرف الاتحاد الأوروبي وتقوم بانجاز عدة مشاريع بحث تنفد من قبل فرق بحثية تنتمي إلى ضفتي المتوسطي الشمالية وتقوم بانجاز عدة مشاريع بحث تنفد من قبل فرق بحثية تنتمي إلى ضفتي المتوسطي الشمالية والجنوبية وتشمل عدة مجالات تتعلق بأولويات الاتحاد والأولويات الوطنية.
كما تساهم مؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي في انجاز عدة مشاريع و برا مج تنموية في اطار التعاون الجهوي والاقليمي بالتعاون مع عد ة منظمات الدولية نذكر منها.
- المركز الدولي للدراسات العليا للفلا حة المتوسطية CIHEAM
- معهد البحث من أجل التنمية IRD
- المركز الدولي للبحوث الزراعية في المناطق الجافة ICARDA
- منظمة الأمم المتحدة للأغذية و الزراعة FAO
- الصندوق الدولي للتنمية الزراعية CFC
- المجلس الدولي لزيت الزيتون COI
الوكالة الجامعية الفرنكوفونية AUF
- الوكالة الدولية للطاقة الذرية AIEA
- الهيئة العربية للطاقة النووية AAEA
- الوكالة الفرنكوفونية للتنمية AFD
- المركز العربي لدراسات المناطق الجافة و الأراضي القاحلة ACSAD
- المركز الدولي للزراعة الملحية ICBA
- المعهد الدولي للمصادر الوراثية النباتيةبيوفرسيتي BIOVERSITY
-المنظمة العربية للتنمية الزراعيةOADA
الصندوق المشترك للمواد الا ساسية- CFC
تم يوم الأربعاء 18 فيفري 2015 بمقر وزارة الفلاحة توقيع اتفاقية اطارية بين مؤسسة البحث العلمي العالي الفلاحي والمعهد الوطني للبحوث والتجديد المجري تحث اشراف وزير الفلاحة والموارد المائية والصيد البحري وبحضور سفير دولة المجر بتونس وكاتبة الدولة للإنتاج الفلاحي وكاتب الدولة للصيد البحري.
تهدف هذه الاتفاقية حسب رئيس مؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي محمد عزيز درغوث الى تبادل الكفاءات على مستوى الطلبة والاساتذة والسلك الاداري في مجال البحث العلمي الفلاحي بين تونس والمجر مشيرا الى أن هذا التعاون سيمتد في مرحلة اولى على خمسة سنوات.
وبالمناسبة، أكد وزير الفلاحة أن هذه المبادرة الجديدة ستساهم في تمتين علاقات الشراكة بين البلدين من خلال التعاون في تبادل الكفاءات في القطاع الفلاحي داعيا الى فتح الافاق في مجالات اخرى على غرار تربية الاحياء المائية.
ومن جانبه، أفاد سفير دولة المجر الى استعداد بلده لمزيد تشجيع التبادل و التعاون مع تونس في مجال البحث العلمي.